عُرف هذا المنزل باسم زينب خاتون ابنة عبد الله البيضا معتوقة محمد بك الألفى وزوجة الشريف حمزة الخربوطلى أحد كبار رجال الدولة الذى توفى دون أن ينجب منها فشاركها أخوه الشريف بكير الخربوطلى ميراث أخيه وقد نعتت فى وثيقتها بلقب “المصونة خاتون” وهو من الألقاب التى لم تكن تضاف إلى الأسماء العادية أو للعامة ولكن تضاف لمن ينتسبون إلى الطبقة الحاكمة.
يقع هذا المنزل عند تقاطع عطفة الأزهرى مع زقاق العنبة خلف الجامع الأزهر وسط مجموعة رائعة من الآثار الإسلامية ومنها الجامع الأزهر فى الجهة الشمالية الذى يرجع إلى القرن 4 هـ/ 10م وقاعة شاكر بن الغنام فى الجهة الشرقية وترجــع إلى القرن 8 هـ/ 14م وجامع العينى فى الجهة الغربية ويرجع إلى القرن 9 هـ/ 15م ومنزل عبد الرحمن باشا الهراوى فى الجهة الجنوبية ويرجع إلى القرن 12 هـ/ 18م.
وأصل بناء هذا المنزل وملكيته له قصة طويلة حيث جاء فى الوثيقة المؤرخـة فـي 23 رمضان فى سنة 1251 هـ/ 12 يناير سنة 1836م أن زينب خاتون هى مالكة هذا المنزل ولكن المرجح أنه يرجع أصلاً إلى خوند شقرا ابنة الناصر حسن بن الناصر محمد بن قلاوون التى ماتت – كما يقول المقريزى – سنة 792 هـ/ 1389م وكانت لها دار فى حـارة كتامة التى كانت تعرف بحارة الدوادارى والتى يقال لها الآن عطفة الأزهرى.
ويضيف السخاوى أن مثقال السودونى الظاهرى رئيس نوبة السقاة فى بلاط السلطان الظاهر جمقمق كان قد اشترى داراً بجوار الجامع الأزهر جددها ووسع فيها إلا أنه لم يلبث أن غضب عليه السلطان قايتباى ونفاه سنة 889 هـ/ 1484م إلى الكرك واستولى على أملاكه وكان من بينها الدار الموجودة بجوار الجامع الأزهر ويغلب على الظن أن هذه الدار التى اشتراها مثقال السودونى هى دار (منزل) زينب خاتون التى بين ايدينا.
وبذلك يمكن القول أن منزل زينب خاتون كان فى القرن 8 هـ/ 14م ملكا لخـونـد شقـرا ابنة السلطان الناصر حسن بن الناصر محمد بن قلاوون ثم آلت ملكيته فى القـرن 9 هـ/ 15م إلى مثقال السودونى الظاهرى ثم فى أواخر القرن المشار إليه إلى السلطان قايتباى ثم فى القرن 12 هـ/ 18م إلى أحد كبار التجار فى العصر العثمانى يدعى الحاج عبد العزيز الذى أدخل عليه سنة 1125 هـ/ 1713م كثيرا من التعديلات ثم فى القرن 13 هـ/ 19م إلى زينب خاتون التى عرف المنزل باسمها منذ سنة 1252 هـ/ 1836م.